Ο Στέλιος Περράκης είναι Ομότιμος Καθηγητής Διεθνών και Ευρωπαϊκών Θεσμών στο Πάντειο Πανεπιστήμιο, του οποίου διετέλεσε Αναπληρωτής Πρύτανη Διεθνών Σχέσεων και Ευρωπαϊκών Προγραμμάτων (2013-2015).
Διετέλεσε Καθηγητής Διεθνούς Δικαίου και Κοσμήτορας της Νομικής Σχολής του Πανεπιστημίου Νεάπολις Πάφου (Σεπτέμβριος 2020-Αύγουστος 2022).
Διευθυντής του Κέντρου Διεθνούς Δικαίου «Γεώργιος Τενεκίδης» στο Πανεπιστήμιο Νεάπολις Πάφου.
Δίδαξε στη Νομική Σχολή ΔΠΘ (1978-1993), στο Πανεπιστήμιο Μακεδονίας και στο Τμήμα Διεθνών, Ευρωπαϊκών και Περιφερειακών Σπουδών του Παντείου Πανεπιστημίου (1994-2015).
Πρέσβυς εκ προσωπικοτήτων – Μόνιμος Αντιπρόσωπος της Ελλάδας στο Συμβούλιο της Ευρώπης (2015-2019).
Συντονιστής της Task Force του Υπουργείου Εξωτερικών της Ελληνικής Προεδρίας στην Επιτροπή Υπουργών του Συμβουλίου της Ευρώπης (Μάιος-Νοέμβριος 2020).
Α΄ Αντιπρόεδρος της Ελληνικής Εταιρείας Διεθνούς Δικαίου και Διεθνών Σχέσεων, της οποίας έχει διατελέσει πολλές φορές Πρόεδρος.
Διετέλεσε Γενικός Γραμματέας Ευρωπαϊκών Υποθέσεων του Υπουργείου Εξωτερικών (Φεβρουάριος 1996-Μάιος 2000).
Ίδρυσε και διηύθυνε το Ευρωπαϊκό Κέντρο Έρευνας και Κατάρτισης Δικαιωμάτων του Ανθρώπου και Ανθρωπιστικής Δράσης στο Πάντειο Πανεπιστήμιο (2005-2019).
Κατείχε Έδρα Jean Monnet ad personam «Δημοκρατία και Δικαιώματα του Ανθρώπου στην ΕΕ» και ήταν υπεύθυνος Έδρας UNESCO «Δημοκρατία, Ειρήνη και Δικαιώματα του Ανθρώπου» στο Πάντειο Πανεπιστήμιο.
Επισκέπτης Καθηγητής και Διαλέκτης σε Πανεπιστήμια και άλλα εκπαιδευτικά ιδρύματα του εξωτερικού, όπως και στις Ανώτατες Σχολές των Ενόπλων Δυνάμεων, της Ελληνικής Αστυνομίας, και της Διπλωματικής Ακαδημίας του ΥΠΕΞ.
Το 2017, δίδαξε στην Ακαδημία Διεθνούς Δικαίου στη Χάγη, το Μάθημα (Cours Spécial): La protection internationale au profit des personnes vulnérables en droit international des droits de l’homme, Recueil des Cours de l’Académie de Droit International de la Haye, Tome 420, Boston, Leiden, Brill|Niijhoff, 2021.
Εκπρόσωπος της Ελλάδας σε Διεθνείς Οργανισμούς και Διασκέψεις (ΟΗΕ, ΕΕ κ.ά.) και Πληρεξούσιος σε πολλές υποθέσεις ενώπιον του ΔΕΚ/ΔΕΕ (μεταξύ άλλων η υπόθεση Επιτροπή κατά Ελλάδος για τα αντίμετρα σε βάρος της πΓΔΜ, 2014), καθώς και του Διεθνούς Δικαστηρίου της Χάγης (υπόθεση Δικαστικές Ασυλίες του κράτους, Γερμανία κατά Ιταλίας, Ελλάδα παρεμβαίνουσα, 2011).
Μέλος Διεθνών Οργάνων και Θεσμών, όπως η Ευρωπαϊκή Επιτροπή κατά του Ρατσισμού και της Μισαλλοδοξίας (ECRI) του Συμβουλίου της Ευρώπης (2003-2015), International Humanitarian Fact-Finding Commission (2002-2021), Commission of Inquiry on Lebanon του Συμβουλίου Δικαιωμάτων του Ανθρώπου του ΟΗΕ (Σεπτέμβριος-Νοέμβριος 2006), Administrative Board Fundamental Rights Agency της ΕΕ (2012-2015).
Δικαστής ad hoc στο Ευρωπαϊκό Δικαστήριο Δικαιωμάτων του Ανθρώπου και Διαιτητής στο Δικαστήριο Συνδιαλλαγής και Διαιτησίας του ΟΑΣΕ.
Διετέλεσε Μέλος του Επιστημονικού Συμβουλίου του ΥΠΕΞ.
Από το 2004 διοργανώνει στο Ναύπλιο τις Διεθνολογικές Συναντήσεις Ναυπλίου.
Συγγραφέας και επιμελητής 350 μελετών (βιβλία, άρθρα, σχόλια κ.λπ.) σε θέματα Διεθνούς Δικαίου, Ευρωπαϊκού Δικαίου, Δικαιωμάτων του Ανθρώπου, Ανθρωπιστικού Δικαίου, Διεθνούς Οργάνωσης και Ελληνικής Εξωτερικής Πολιτικής, που δημοσιεύθηκαν στην Ελλάδα και στο εξωτερικό.
Διευθύνει τα Τετράδια Διεθνούς Δικαίου & Διεθνούς Πολιτικές, το πρώτο ηλεκτρονικό περιοδικό Διεθνούς Δικαίου και Πολιτικής στην Ελλάδα.